Der CSU droht nach Recherchen der Frankfurter Allgemeinen Zeitung (F.A.Z./Freitagsausgabe) Ärger wegen des Doktortitels ihres Generalsekretärs Andreas Scheuer. Scheuer erwarb 2004 an der Prager Karlsuniversität ein „kleines Doktorat“, das ihn in Deutschland nur in den Ländern Berlin und Bayern zur Führung des Titels „Dr.“ berechtigt. In den anderen Bundesländern darf nur die tschechische Abkürzung „PhDr.“ geführt werden, wie die F.A.Z. berichtet. Scheuers Arbeit über „Die politische Kommunikation der CSU im System Bayerns“ ist in Deutschland über den Verlag „Books on Demand“ zu erhalten, der im Schleswig-Holsteinischen Norderstedt ansässig ist. Im Impressum des Buches firmiert er als „Dr. Andreas Scheuer, MdB“. Das Schleswig-Holsteinische Oberlandesgericht rügte im Jahr 2011 einen Steuerberater, der ein slowakisches „kleines Doktorat“ nutzte, um als „Dr.“ aufzutreten. Der Steuerberater hatte seinen Hauptwohnsitz in Bayern, arbeitete aber in Schleswig-Holstein, wie die F.A.Z. berichtet.
Der Prager Doktorvater Scheuers, der Politologe Rudolf Kučera, sagte der „Frankfurter Allgemeinen Zeitung“, es sei „ganz normal“, dass Scheuer in Prag eine Arbeit in deutscher Sprache vorgelegt habe. Tschechischkenntnisse seien nicht verlangt worden; Scheuer habe in Prag keine Lehrveranstaltungen besucht. Der Prüfungskommission, die mit Scheuers Promotion befasst gewesen sei, habe auch der Politologe Bohumil Doležal angehört. Doležal sagte allerdings der F.A.Z., er sei nicht Mitglied der Prüfungskommission gewesen und wisse über diese Angelegenheit nichts.
Zu Vorwürfen, er habe in seiner Arbeit eine längere Textpassage aus einer Veröffentlichung der Bundeszentrale für politische Bildung, die in Zusammenarbeit mit der Universität Münster erstellt worden war, ohne Kenntlichmachung weitgehend übernommen, ließ Scheuer der F.A.Z. seinen Sprecher mitteilen, bei einer „detaillierten Überprüfung“ der Arbeitsunterlagen für seine Promotion sei „kein Textdokument der Universität Münster“ gefunden worden. Er werde die Universität bitten, „über Autorschaft und Entstehungsdatum“ des Textes Auskunft zu geben. Es sei nicht notwendig gewesen, für das Promotionsverfahren „die tschechische Sprache zu erlernen“, da Kučera Deutsch spreche.